Ilustračná kresba ku kapitole Thomas Müntzer and the Peasant Revolt

V srdci Müntzerovej teológie, ktorá sa tiež stala srdcom jeho politickej teórie, bol meč. Meč, ako tvrdil Müntzer, musí byť použitý v službe evanjelia. Ak by sa kniežatá zdráhali riadiť Müntzerovým rozkazmi ako a kde meč použiť, meč im bude odobratý a odovzdá sa „ľuďom, zapáleným horlivosťou“ a potom beda, „mier prestane vládnuť na zemi“. 

Ak kniežatá nepoužijú meč, podľa Müntzerovho rozkazu, „mohol by zhrdzavieť v pošve.“ 

Müntzer dostal príležitosť chopiť sa meča veľmi skoro, keď jeden kožušník, prívrženec odpadlých mníchov, sa na svadobnej hostine opil a urazil dvoch členov mestskej rady. Keď sa ho členovia rady snažili zatknúť, vypuklo povstanie. Müntzer a Pfeiffer niesli vytasený meč a červený kríž, a na protest viedli 200 nasledovníkov von z mesta. Meč symbolicky naznačoval poburovanie a povstanie. Tým, že v čele sprievodu niesol odhalený meč, demonštroval Müntzer, že je v Mühlhausene de facto zákonnou autoritou a že on a jeho nasledovníci sú ochotní použiť vojenskú silu. „Nosenie meča má svoj význam,“ povedal svätý Peter v Liste Rimanom (13:4)... 

Luther onedlho tvrdil, že „ten, kto videl Müntzera, môže povedať, že videl vteleného diabla pri jeho úplne najhoršom besnení. Ó, Pane Bože, kedykoľvek je taký duch vonku medzi sedliakmi, je najvyšší čas, aby boli pobití ako besné psy.“ Podľa Müntzera nemali v Allstedte vládnuť odpadlícki  univerzitní profesori, ale samotný ľud, ktorý by vytvoril náboženskú komunitu skrze sny a videnia inšpirované Duchom Svätým. Vyvolení by vládli a v prípade, že by sa to kniežatám nepáčilo, ľudia by povstali a zobrali do rúk meče. Čokoľvek menšie bolo „falošnou vierou“ politických oportunistov, ktorých hlavným konateľom bol Luther. 

Jeden životopisec hovorí, že Müntzer sa „otvorene oženil“ koncom júla s mníškou, ktorá utiekla z kláštora. Interval medzi uzatvorením manželstva a príchodom ich prvého dieťaťa na svet ukazuje, že ich vzťah začal ešte pred svadbou. 

Müntzerova aliancia sa rozpadla bez boja a tlačiarenský lis bol odstavený. Mnoho ľudí sa od svojho kazateľa dištancovalo. Preto urobil Müntzer to, čo bol zvyknutý robiť počas celej svojej kňazskej služby. V noci zo siedmeho na ôsmeho augusta 1524 sa Müntzer „tajne prešmykol za mestské hradby“, opustil svoju ženu a dieťa a utiekol spolu so zlatníkom z Nordhausenu.